יחיאל מור, ששימש מאמן־שחקן, היה אחת הדמויות המקצועיות המרכזיות של העשור. סביבו התגבשה קבוצה עם שחקנים מקומיים ושמות שיהפכו לחלק מהבסיס ההיסטורי של המועדון.

לקראת עונת 1964/65 הגיע המאמן היוגוסלבי סלבליו סטנקוביץ׳. תחתיו השיגה הפועל באר שבע את העלייה הראשונה לליגה הלאומית — הליגה הבכירה בישראל באותה תקופה. בסגל ההיסטורי היו בין היתר משה מלאך, חיים כהן, אהרון קול־צבר, ג׳קי דקל, אברהם נומה וחיים יהודה.

העלייה סימנה שינוי בזהות המועדון: באר שבע כבר לא הייתה רק נציגה של הדרום. היא הפכה לחלק מהבמה המרכזית של הכדורגל הישראלי, גם אם הדרך לצמרת עדיין הייתה ארוכה וכללה בהמשך ירידה חזרה לליגה א׳ בעונת 1969/70.

משה ליטבק החזיר את הקבוצה לליגה הבכירה כבר בעונת 1970/71, מהמקום הראשון בליגה א׳ דרום ובפער גדול. סביב שחקני בית כמו מאיר ברד ואברהם נומה, ובהמשך שלום אביטן, נבנתה קבוצה צעירה ורעבה. בעונת 1972/73 היא כבר סיימה חמישית — הישג שיא באותה עת.

לקראת 1974/75 מונה אמציה לבקוביץ׳. הוא הסתמך על סגל צעיר והביא תפיסה חדשנית של מגנים תוקפים. ב־10 במאי 1975 ניצחה באר שבע 1:0 את מכבי יפו משער של אפרים צבי והבטיחה את האליפות הראשונה בתולדותיה. אורי בנימין נבחר לכדורגלן העונה בישראל.

בקיץ 1975 הגיע גם תואר אלוף האלופים, ובעונת 1975/76 זכתה הקבוצה באליפות שנייה ברציפות. בקיץ 1976 השתתפה בגביע האינטרטוטו והייתה, יחד עם בית״ר ירושלים, בין הקבוצות הישראליות הראשונות ששיחקו במפעל אירופי. הבית העירוני בבאר שבע הפך למקום שבו נבנתה לראשונה מסורת של אליפות.

עונת 1992/93 סימנה את הפריחה: הישאם זועבי כבש 17 שערי ליגה והקבוצה סיימה רביעית. עונה לאחר מכן סיימה שלישית, כבשה 54 שערים וזכתה בכרטיס לגביע אופ״א. הכדורגל האירופי חזר להיות חלק מהסיפור הבאר־שבעי.

בעונת 1995/96, אחרי שהדיחה את טירנה, פגשה באר שבע את ברצלונה בגביע אופ״א. התוצאות היו קשות — 0:7 בווסרמיל ו־0:5 בחוץ — אך עצם הגעתה של ברצלונה לבאר שבע הפכה לאחד הרגעים האיקוניים של האצטדיון. באותה עונה זכתה הקבוצה גם בגביע הטוטו השני שלה.

ב־26 במאי 1997 הגיעה הפריצה הגדולה בגביע המדינה. מול 25 אלף צופים באצטדיון רמת גן, ובהדרכת אלי גוטמן, ניצחה באר שבע 1:0 את מכבי תל אביב משער של ג׳ובאני רוסו וזכתה בגביע המדינה הראשון בתולדותיה.

ברק בכר מונה במאי 2015, ובקיץ הצטרפו אנתוני ואקמה, שיר צדק, מהראן ראדי ובן שהר לסגל שבו כבר היו ברדה, מליקסון ובוזגלו. ב־21 בספטמבר 2015 נחנך טוטו טרנר במשחק ליגה מול מכבי חיפה, והאצטדיון החדש הפך במהירות למבצר.

ב־21 במאי 2016 ניצחה באר שבע 3:1 את בני סכנין וזכתה באליפות השלישית — ארבעים שנה אחרי האליפות הקודמת. עונת 2016/17 הפכה לעונה אירופית היסטורית: ניצחונות על אולימפיאקוס בדרך לפלייאוף ליגת האלופות, 2:0 על סלטיק בטרנר, ניצחונות כפולים על אינטר והעפלה לשלב 32 האחרונות בליגה האירופית.

הקבוצה השלימה שלוש אליפויות רצופות, 2015/16–2017/18. ההפסד הליגה הראשון בטרנר הגיע רק במאי 2018, אחרי 56 משחקי בית ללא הפסד — נתון שהפך את האצטדיון לאחד הסמלים החזקים של השושלת.

ברק בכר סיים את דרכו בינואר 2020. באותה שנה זכתה באר שבע בגביע המדינה השני בתולדותיה, ובעונת 2020/21 חזרה לשלב הבתים של הליגה האירופית, בבית שכלל את באייר לברקוזן, סלביה פראג וניס.

ב־2022 זכתה באר שבע בגביע המדינה השלישי אחרי גמר דרמטי מול מכבי חיפה ובהמשך גם באלוף האלופים. בעונת 2022/23 שיחקה בשלב הבתים של הקונפרנס ליג מול ויאריאל, אוסטריה וינה ולך פוזנן.

בקיץ 2024 הסתיימה תקופת אליניב ברדה במועדון ורן קוז׳וך מונה למאמן. עונת 2024/25 הסתיימה בסגנות בליגה ובזכייה בגביע המדינה הרביעי — 2:0 על בית״ר ירושלים בגמר בבלומפילד.

עונת 2025/26 נפתחה בזכייה באלוף האלופים. בליגה הפועל באר שבע שמרה על קצב גבוה, ניצחה 7:0 את הפועל טבריה — שיא מועדון בליגת העל — והבטיחה את האליפות השישית מחזור אחד לפני הסיום בניצחון 4:2 על מכבי תל אביב. היא סיימה את העונה עם 79 נקודות.

ב־24 במאי 2026 חגג טרנר את האליפות הראשונה מאז 2017/18. יומיים לאחר מכן הפסידה באר שבע 2:1 למכבי תל אביב בגמר גביע המדינה, וסיימה עונה שבה חזרה באופן מובהק למעמד של אלופת ישראל.

בעונת 2026/27 יצאה האלופה למסע במוקדמות ליגת האלופות. בפלייאוף ניצחה 2:1 את סבאח במשחק הראשון, אך בגומלין בבאקו ספגה שער דרמטי לקראת הסיום, נגררה להארכה והפסידה 5:2. ההדחה הובילה אותה ישירות לשלב הליגה של הליגה האירופית.

ב־16 בספטמבר 2026 פתחה באר שבע את שלב הליגה האירופית ב־0:0 מול דינמו זאגרב. נכון לאוקטובר 2026, זהו עדיין פרק פתוח: אלופת ישראל ממשיכה לכתוב את עונת 2026/27 בזמן אמת.